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農田水利會今年10月1日改制為公務機關農田水利署，其中資產轉移各界議論紛恩，農田水利署表示，有媒體報導部分水利會拿不出當年土地所有權狀等證明文件，導致土地移轉卡關，今(1)日澄清目前700餘億動產已移轉完成，1200餘億不動產現正辦理移轉登記中，預計11月底前完成移轉登記後專款專用於農田水利事業，重申並無土地移轉卡關之事。

農田水利法於今年10月1日施行，《農田水利會組織通則》已不再適用，農田水利會資產及負債依據《農田水利法》規定由國家概括承受，各水利會於10月1日起即開始辦理資產移轉，經由地政網路系統查詢顯示，已有土地移轉案件登記完成，預計11月底前完成移轉登記。

農水署指出，今年7月2日《農田水利法》於立法院三讀通過後，農委會即與內政部、財政部等相關機關研商水利會財產移轉事宜，並請各水利會積極盤點各項資產。

動產部分，已全數改由農水署各管理處經管；不動產部分，涉及產籍移轉變更，因移轉數量較多，經農委會與內政部研商後，內政部於今年9月11日公布水利會依《農田水利法》辦理土地移轉免予提出權利書狀，以利移轉作業進行。

目前農水署各管理處依內政部所統一訂定土地移轉方式，赴全國地政事務所辦理移轉，原農田水利會資產將轉由各管理處管理，並專款專用於農田水利事業。